朱元璋以“草莽”定天下，创立明王朝，天下由乱入治。1388年，朱元璋60大寿，在寿诞庆典上，他别出心裁地安排了一次隆重的赛马比赛，让他的25位皇子在文武百官面前进行激烈角逐。比赛中，诸皇子为了表现自己，不惜暗下毒手，一马领先的太子朱标的坐骑被人暗刺一针，那马受了惊，带着朱标一路狂奔，几乎冲下悬崖，幸好被奋勇追上的燕王朱棣舍命相救，勒住绍绳。众皇子不顾太子和燕王的死活，使尽各种技法，拼抢着那只代表夺冠的金毛绵羊。
燕王制服了太子的惊马，但太子已被惊马甩伤，燕王朱棣只好把太子扶上马背驮口。与此同时，其余23位皇子已将那只金毛绵羊撕得粉碎，吵吵嚷嚷地返回。看到人事不知的太子朱标和诸太子手中血淋淋的绵羊尸骸，朱元津愠然作色，一场别开生面的寿诞大庆不欢而散。太子朱标受此惊吓，一病不起，刘伯温向朱元璋建议给太子冲喜。
朱元璋认为给太子冲喜，一定要挑一位命大福大的吉祥女子，他想来想去，挑中了魏国公徐达的小女儿徐妙云。徐妙云自幼就十分仰慕她的姐夫——燕王朱棣，及长，两人互有好感。徐妙云被吹吹打打送进东宫，不料未入洞房，太子却一命呜呼。燕王来灵堂吊唁太子，发现妙云己成未亡人，两人心痛如割、苦不堪言。太子已亡，朱元璋本欲立四子燕王为太子，却遭到齐泰、黄子澄等大臣的反对，朱元璋犹豫不决。
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燕王欲争太子位，听从道衍和尚之计，指使心腹将领张玉编造出一份边关紧急军情，趁机向朱元璋请命征讨，以图建立军功大业。不料谎报军情之事被朱元璋识破，朱元璋认为燕王有谋取帝位之野心。盛怒之下，他改变主意，决定立朱标的儿子朱允炆为皇太孙，并与刘伯温密谋，欲在燕王出师之时，除掉燕王。
大明天子第2集剧情介绍正当朱元璋要下令除掉燕王时，忽有边关信使飞马而至，称敌军五万骑兵入侵，边关告急。朱元璋没料到边关真有军情，于是改变主意，令燕王率兵征北。被定为皇帝接班人的朱允炆生性懦弱，爱好诗文，常与太子妃徐妙云一起研读诗词歌赋。朱元璋恐他难当重任，便有意给他施加压力。同时为了使皇太孙稳稳坐上龙椅，防止位高权重的开国元勋谋反，朱元璋定下一个密杀名单，—一设下圈套，将许多重臣赶尽杀绝。
朱元璋看看手中的密杀名单，用笔圈去了刚刚处死的薛样、廖永忠，名单上的功臣已经死得差不多了，最后朱元津把目光停在了刘伯温和徐达的名字上。己辞官还乡的刘伯温接到朱元津要他重回京城的圣旨，虽明知凶多吉少，也不得不奉旨回朝，临走之际，他嘱儿于为他预备一口棺材。刘伯温担惊受怕，一路风尘，到京时己满头白发，面容憔悴。徐达散朝时在街上巧遇刘伯温，见刘伯温气色不佳，便邀至徐府将养。
朱元璋听说刘伯温住在徐府，疑心更重，便亲自来到徐府以清太医诊治为名将刘伯温接进宫内。眼看昔日功臣一个个不得善终，徐达感觉到了自己的危险，趁北方边境动乱之际，徐达顾不得背上生疮，向朱元津请命，要求北上靖边。朱元津明白徐达借机想溜，便心生一计，借送行之名，赐给徐达一个礼盒，说此礼非同小可，务必收下。
大明天子第3集剧情介绍徐达打开礼盒，脸色大变，盒内是一只蒸鹅，知道朱元靖己向他下手了，因为吃了蒸鹅，他那背疮必定毒发而死。徐达悲壮地吃完鹅肉，果然毒发而亡。徐妙云和徐辉祖、徐增寿等披麻带孝，在灵堂嚎陶大哭。朱元璋闻讯赶来，悲痛欲绝，下令厚葬徐达。三个月以后，一辆牛车载着苍老的刘伯温回到他的老家青田。
一到家，刘伯温就躺进儿子为他预备的棺材里，他明白，朱元障在为他送行的酒菜里下了慢性毒药，此时毒性己发，刘伯温在棺材中咽下最后一口气，大明王朝的最后一位开国功臣也死了。朱元璋把一根拔光了硬刺的鳌杖扔给朱允炆，说：以前你总是怕这黎杖上的硬刺，现在我把这些硬刺都拔去了，你拿去吧，你可以高枕无忧了。
朱元璋病重，要朱允炆代他上朝，并给他操办婚事，娶了马氏。新婚之夜，朱允炆却让新娘独守空房，他的心思都在徐妙云那里，连第一天上朝时的皇冠都要请徐妙云为他戴上。朱元璋听朱允炆谈起削藩之事，忽然警觉，他为朱允炆准备了一只密封的铁盒子，交给太监王淑，在日后朱允炆有难时可打开铁盒依计行事。
