按陈附马的兵马在旭烈兀的大儿子波日特手上，按陈附马和五公主被海都所杀。阿里不哥派海都找旭烈兀帮忙，旭烈兀并不承认阿里不哥是大汗的身份，他不希望看到兄弟相争，旭烈兀和忽必烈交好，他决定两不相帮。阿里不哥让海都带上手谕去调按陈附马的兵，海都见到波日特后知道他手上有两万兵马，他谎称旭烈兀已站在阿里不哥一旁，波日特难以选择，他听旭烈兀的指令，海都一刀杀死波日特后想赶尽杀绝。
海都派人去通知旭烈兀说忽必烈杀了他儿子，塔娜和察比在街上行走时被侍女所救，察比看到那封嫁祸给忽必烈的那封信，她要想办法尽快出城赶到父亲的军营中。旭烈兀得知波日特被杀后十分意外，他起初不相信是忽必烈所为，但那把刀确实是忽必烈的。海都来到按陈附马的兵营后要交接兵权，还提出三日后回和林。
察比在营外打探消息时被士兵擒获，将军认出她的身份后屏退左右。海都鼓动军心，士兵们并不服他，海都命军队出发时察比站了出来，察比要揭穿海都的真面目，她拿出那封信质问海都，海都身边的侍卫牧仁站出来指认海都，海都慌忙逃窜。忽必烈对于军队的多少并不担心，他决定择日进攻和林，旭烈兀支持阿里不哥让忽必烈很意外。
忽必烈率三十万大军北上准备进攻和林，阿里不哥知道后不以为然。察比命牧仁带信交给旭烈兀，她也率军赶往和林。忽必烈率军和阿里不哥在和林城外对峙，忽必烈想在开战前像兄弟一样好好谈一谈，他解下头盔后扔下佩刀，两人独自骑马来到高处，阿里不哥提出他的条件，他听不进忽必烈的话，忽必烈拿出战前酒和阿里不哥结束兄弟之情。
旭烈兀迟迟未到让阿里不哥很担忧，海都也没有消息，阿里不哥传右路军赶往前线参加战斗。
忽必烈传奇第47集剧情介绍忽必烈自知兵力不及阿里不哥，他判断旭烈兀是两不相帮，忽必烈的两路大军已经准备妥当，他看到左路人马是巴雅尔的军队，只是不明白来意。忽必烈命中路兵马直接杀向敌阵，阿里不哥命大炮攻击，之后两方兵马进行肆杀。巴雅尔认为他哥哥波日特是被忽必烈所杀，忽必烈相信旭烈兀不会帮忙阿里不哥，他派军包抄过去。
巴雅尔要动兵时看到旭烈兀赶来，旭烈兀将信交给他看，他们险些铸成大错，旭烈兀知道忽必烈是蒙古最适合当大汗的人选，巴雅尔听他意见，旭烈兀命巴雅尔绕到阿里不哥的后方发起攻击，他们摧毁了阿里不哥的炮阵，阿里不哥没想到旭烈兀的部队突然出击，战局对忽必烈十分有利。察比率按陈附马的兵马赶来，她命部队冲向阿里不哥的军队，忽必烈也命董文忠和董文用率本部人马全力出击，阿里不哥率军陷入苦战，他们被三面合围，阿里不哥见势不妙只好命令撤退。
忽必烈看到逃走的阿里不哥时想到小时候的情形，他让刘秉忠鸣号收兵，刘秉忠担心后患无穷，但还是执行了忽必烈的命令。忽必烈见到察比骑马赶来时十分高兴，他骑马迎上去，见面后紧紧抱在一起。阿里不哥仅率少数兵马和海都相会，可海都只带来三千兵马，阿里不哥想杀回去时被海都从背后打晕后带走。
海都劝阿里不哥不要灰心，他相信有东山再起的一天。察比没想到额吉和父亲会那样去世，忽必烈可能理解她的心情，她在众人心目中是汉大妃，忽必烈清楚她所做出的牺牲。忽必烈要争取和林城内的各种势力，察比相信他能将事情处理好。忽必烈在和林汗宫宴请有功将士，董文用被封为漠南军的总统领，董文忠被副统领。姚枢被封左丞，郝经也受到重用。
刘秉忠在封赏之时质问忽必烈为何不加奖励，忽必烈指责他恃才傲物，众人吃惊，刘秉忠自称心灰意冷，还提出要回去当一个和尚，忽必烈故意和他演戏给众人看。刘秉忠的丞相之职被忽必烈撤去，他被安排到益州当和尚，刘秉忠当众气愤而去。郝经奉忽必烈之命去宋朝议和，他离开前和刘秉忠告别。
忽必烈传奇第48集剧情介绍察比为刘秉忠送行，刘秉忠没接受她送的马匹和物品，云林见他剃度光头后追赶过去，刘秉忠对她置之不理，他的佛语让云林很伤心，刘秉忠不顾一切地骑马离开，云林伤心欲绝，察比安慰她不要难过。阿里不哥有些灰心丧气，他自认为是取正统的大汗，酒后开始胡言乱语，海都劝他冷静下来。
阿里不哥为几十万大军的灰飞烟灭而后悔，海都向他推荐李谈，他知道李谈是有野心的人。察比留下治理和林，她得知阿里不哥逃到察合台汗国，库撒儿对他有些担忧，察比看出她心思，库撒儿只是不忍心。江淮大都督李谈收到汗廷信件后见到海都，阿里不哥突然出现，他和李谈坐下谈起想法，阿里不哥想请李谈跟他一起消灭忽必烈。
李谈不想背上叛乱的骂名，阿里不哥的承诺让他动心。云林想去找刘秉忠，她知道他那样做肯定是有原因，云林深爱着刘秉忠，她哭着跑开。库撒儿告诉云林关于刘秉忠的下落，云林赶往益州。李谈和海都商量计策，他提出声东击西的想法，海都对他大加夸奖。和林城中放粮救济老百姓，察比带人来到街上巡察时听到爆炸声音。
街上因爆炸而混乱起来，董文用保护察比离开时看到蒙面人带刀杀来，他们上前应敌，库撒儿也奋力保护察比，击退歹人后他们回到汗宫，察比想起以前的事情。李谈向海都说起多纳人才，他想起刘秉忠。李谈来到寺庙见到刘秉忠，刘秉忠以和尚自居，李谈对他再三试探，还邀请他去后山别院小住几日。
在海都的提醒下阿里不哥想到霍赤，刘秉忠跟随李谈来到别院的禅房。霍赤被放出来，海都前去迎接时挨了一巴掌。
