皇太极用计除去三贝勒莽古尔泰和二贝勒阿敏。大贝勒代善感觉唇亡齿寒，索性交出权力。皇太极终于唯我独尊。但就在皇太极雄心勃勃整治朝政之时，庄妃和多尔衮却在幽会。原来，庄妃与多尔衮青梅竹马，情根暗结。面对庄妃的多情，多尔衮在杀母大仇后面，又添上了夺去情人之恨。
但他在皇太极面前却表现得忠心耿耿，得到皇太极的信任。客氏被崇祯驱逐出宫，众大臣得到崇祯的暗示，纷纷弹劾魏忠贤。魏忠贤惊恐不安，再次谋反，令内典兵埋伏在宫中，准备杀害崇祯。陈圆圆无意中见到伏兵，大惊失色，赶忙去向崇祯报信。早朝之时，陈圆圆巧妙地向崇祯发出迅息。
崇祯急中生智，带众大臣视察内典兵，并借故当场将内典兵解散。崇祯又杖杀已逐出宫去的客氏。魏忠贤悲痛万分，没想刚回到宫中，崇祯即把各地弹劾他的奏章摔在他跟前，发配他去凤阳守陵。
明末风云第5集剧情介绍魏忠贤如丧家之犬，一天夜里，他宿在自己被毁的生祠，听闻隔壁一个书生唱歌讥讽他罪恶一生，惊惧交加。恰在这时，崇祯派人押解他回京治罪。魏忠贤彻底绝望，上吊自尽。崇祯果断除去魏忠贤，重振朝纲，大明颇有中兴气象。
陈圆圆目睹崇祯敢作敢为，重振朝纲，对他产生了真切的感情，不料，崇祯对她很冷淡，令陈圆圆颇为伤感，同时也更敬重崇祯。皇太极厉兵秣马，多次出兵进入长城，击败明军。崇祯果断启用袁崇焕，任为兵部尚书，全权负责辽东军务。
袁崇焕奉旨进京，在平台与崇祯倾心交谈，计划五年内平定辽东。崇祯大喜，答应了袁崇焕所有条件。君臣二人相谈甚欢，引为知己。恰逢田妃生下女儿，崇祯将其取名为长平，意寓天下长久太平。
明末风云第6集剧情介绍张嫣对崇祯有一种如母亲又如意中人般的复杂感情，她大胆向崇祯表白，崇祯却吓坏了，令张嫣伤心至极。她无法实践自己的梦想，便把希望寄托在她喜欢的陈圆圆身上，意欲让陈圆圆替她照顾崇祯，分担崇祯的忧虑。陈圆圆冰雪聪明，对崇祯又爱慕不已，自然喜不自胜。可崇祯对她仍然十分冷淡，令陈圆圆一筹莫展。
多尔衮对庄妃舍割不下，常与她偷偷见面，他同时又利用庄妃，让她在皇太极面前吹枕头风，把两黄旗正式交给他统率。庄妃果然向皇太极进言。皇太极非常宠爱庄妃，答应了她的请求。多尔衮如愿以偿，实力大增。他在兴奋之余要跟庄妃亲热，却被庄妃拒绝。庄妃对皇太极的的宽宏大量十分内疚，可又不忍斩断和多尔衮的情思，矛盾不已。
袁崇焕走马上任，在边关构筑三道防御，自以为固若金汤。不料，皇太极听信范文程之计，绕道蒙古，逼向京师。袁崇焕救主心切，率军直抵北京。皇太极早设下计谋，让人四处散布谣言，袁崇焕和皇太极早有和约。崇祯对袁崇焕产生了怀疑。崇祯不准袁崇焕大军进入京城。皇太极又重演蒋干盗书之计，让人把与袁崇焕有约的谣言透露给两个被抓获的太监，故意放走他们。
