兵马俑的烧制终于完成，然而此时蒙毅却守到秦皇的密旨，要将所有的民夫给他殉葬。蒙毅陷入沉思中。秦皇告诉赵高，他最近感觉身体开始不适，颇为怀念故人，觉得是时候召扶苏回宫。
不仅如此，还让赵高从现在起小心照顾玉漱，等图安战事的风声过去，他就会重新召玉漱入宫。赵高听到此事后，惊恐万分，回到府邸正暗自琢磨，一把剑突然上了他的脖子，原来是金将军。两人决定联手加害秦皇，金将军将毒药交给赵高。
秦皇自知身体每况愈下，催促赵高加紧长生药的寻访，并将丽妃再次召回宫中，恢复她的封号。金将军得知玉漱再次回宫，甚感担忧.他与赵高进行一番商讨后，将计就计，引秦皇出城。秦皇大喜，立刻召蒙毅随行，亲自出城寻访长生药。
无奈，蒙毅拯救70万人性命的愿望，还是未能实现。赵高计算秦皇所中之毒中途便会发作，为以防万一，让金将军带着忠义馆的秘密部队尾随，随时听从他的调遣。蒙毅利用一切关系寻访长生药。
秦皇则立扶苏为太子，由赵高李斯和蒙毅共同辅佐。并且要在他死后，把他所有嫔妃和喜欢的东西都一同陪葬，包括玉漱。赵高为保自己，煽动李斯修改诏书，改立胡亥为太子。
长生药终于制成，被举贤堂的人快马加鞭送往秦皇那里。不料途中遭遇袭击，伤亡惨重。
神话第40集剧情介绍李由浑身是血杀出重围，送上长生药，却报告蒙毅和全体将士阵亡，说罢昏倒在地。赵高喜笑颜开，打开药盒共有三颗长生药。秦皇担心药有毒，要找人试药，玉漱万念俱灰，心中但求一死，好去追随蒙毅，于是主动要求试.
赵高拿起另一颗药，却送进自己嘴里。玉漱想到小川，想到死去的父母和图安百姓，亦不愿将药递给秦皇。秦皇眼睁睁看着长生药死去。李斯宣读秦皇“遗诏”：胡亥登基，为秦二世。
朝堂上，大臣们纷纷启奏事项，赵高就在背后对着胡亥指导，胡亥就听一句说一句。大臣文开实在看不下去，站出来指责赵高原本是个宦官，不应该参与政事。赵高极为恼怒，利用当年的小川曾经讲过的“指鹿为马”的故事将大臣分为“鹿”帮与“马”帮。
赵高把回答是鹿的大臣名字写在一张绢帛上，威胁金将军除去绢帛上的大臣，否则玉漱就要为秦皇殉葬。
金将军按着绢帛一一杀死了那些大臣，名单的最后一个大臣竟然是李斯!他夜闯李斯书房，谁知这个李斯竟是李由假扮，矫捷躲过他一剑，几张大网从天而降，金将军就擒。李斯和赵高走入，金将军才知上当。
